1.mpich-3.4.2安装

①下载MPICH 中下载mpich-3.4.2.tar.gz

②将tar文件上传服务器，cd读取该文件所在路径。

1
tar -zxvf mpich-3.4.2.tar.gz

将其解压。

③cd读取解压后的文件夹。

1
./configure –prefix=/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/mpich/（输入安装位置）

④**编译 **

1
make

⑤安装 

1
make install

2.fftw-3.3.2安装

①在FFTW官网 中下载fftw-3.3.2.tar.gz

②将tar文件上传服务器，cd读取该文件所在路径。

1
tar -zxvf fftw-3.3.2.tar.gz

将其解压。

③在Linux中安装FFTW。

总共需要两次安装

第一次安装就按下面的④配置就行

第二次安装时为了生成libfftwf.so的库文件，以f结尾的代表可以的数据类型是 float ，加上 –enable-float ，第一次安装的时候不能加这个选项，否则会出错。

④配置

1
./configure --enable-type-prefix --prefix=/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/fftw.3.3.2/（输入安装位置） --with-gcc --enable-shared=yes

其中，
–enable-type-prefix 参数是为了同时使用single precision(单精度)和double precision（双精度），如果不使用它，最后只有以rfftw开头的文件被安装（real fftw）；

–prefix= 参数是设定安装目录；

–with-gcc 使用gcc编译器；

–enable-shared=yes 为了生成动态库.so文件 否则生成的都是.a 文件没法编译。

⑤第一次安装

1
make

编译。

1
make install

这一次安装完后，在安装目录中存在以dfftw和drfftw开头文件，但没有sfftw开头的文件。

1
make clean

还需要安装一次，先清除。

⑥第二次配置

1
./configure --enable-float --enable-type-prefix --prefix=/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/fftw.3.3.2/（输入安装位置）  --with-gcc --enable-shared=yes

其中，–enable-float 为了生成单精度计算的头文件和库文件，即以sfftw开头的文件。

⑦第二次安装

1
make

重新编译

1
make install

再一次安装，安装完后，目录中便会同时存在sfftw和dfftw开头的文件(用于复数函数/complex function的FFT变换)和srfftw与drfftw开头的文件（用于实数函数的FFT变换）

3.LAMMPS安装

①在LAMMPS官网 下载lammps-7Aug2019.tar.gz

②将tar文件上传服务器，cd读取该文件所在路径。

1
tar -xvf lammps-7Aug2019.tar.gz

将其解压。

③找到Makefile.mpi。

1
cd /data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/lammps-7Aug19（安装目录）/src/MAKE

打开Makefile.mpi。

1
2
3
4
5
6
7
# mpi = MPI with its default compiler

SHELL = /bin/sh

# ---------------------------------------------------------------------
# compiler/linker settings
# specify flags and libraries needed for your compiler

修改下方内容

1
2
3
4
5
6
7
8
9
CC =        g++ -std=c++11
CCFLAGS =    -g -O3 
SHFLAGS =    -fPIC
DEPFLAGS =    -M

LINK =        g++ -std=c++11
LINKFLAGS =    -g -O3
LIB = 
SIZE =        size

找到以下内容并修改成如下方所示。

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

MPI_INC =        -I/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-shi/mpich4/include -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 
MPI_PATH =       -L/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-shi/mpich4/lib
MPI_LIB =       -lmpich -lmpi -lpthread

# FFT library
# see discussion in Section 3.5.2 of manual
# can be left blank to use provided KISS FFT library
# INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings
# PATH = path for FFT library
# LIB = name of FFT library

FFT_INC =        -DFFT_FFTW3 -DFFT_SINGLE -I/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/fftw.3.3.2/include
FFT_PATH = -L/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/fftw.3.3.2/lib
FFT_LIB =    -lfftw3 -lfftw3f -lm

④读取安装位置。

1
cd /data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/lammps-7Aug19（安装目录）/src

⑤安装

1
make mpi

⑥如果安装失败，需要重新安装。
先输入

1
make clean-all

再重复⑤。

编译成功会在src中生成lmp_mpi文件。

⑦修改系统文件

1
vi ~/.bashrc

再.bashrc后面输入

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
# mpich environment variable
export MPI=/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-shi/mpich4（mpich所在位置）
export PATH=$MPI/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$MPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=$MANPATH:$MPI/share/man
export INFOPATH=$INFOPATH:$MPI/share/man
export INCLUDE=$MPI/include:$INCLUDE
# fftw environment variable
export PATH=/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/fftw.3.3.2（fftw所在位置）/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH =/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/fftw.3.3.2（fftw所在位置）/lib:$LD_LIBRARY_PATH

按Esc退出编辑。

在命令行中输入:wq，保存并退出。

输入下面代码，进行编译

1
source  ~/.bashrc 。

安装完成。